IMHO ci sono 2 strade sensate da seguire per implementare mkinitrd in kernelpkg... provo a spiegarmi:
1) fai 2 opzioni, una cosa tipo --no-initrd || --initrd mod1:mod2:ecc
2) se vuoi seguire la strada di MOST, potresti fare in modo da "insegnare" a kernelpkg solo i moduli dei filesystem e dei chipset delle schede madri, in questo modo eviteresti di caricare roba inutile nell'initrd, anche se questa strada vuol dire revisionare il codice seguendo lo sviluppo del kernel, quindi ad ogni nuova uscita dovresti vedere se ci sono novità e modificare...
Sempre a mio parere, uno che si mette a compilare un kernel avrà un minimo di accortezza da mettere built in il filesys della root e il chipset della mobo, e comunque se anche non fosse così per motivi che non capisco, immagino che sarà in grado di dire al tuo tool di caricare 2 o 3 moduli... magari potresti mettere nell'output di kernelpkg prima di avviare la compilazione una lista di moduli tipo quello per reiserfs, ext3, ecc, così chi usa il tool si ritrova davanti i nomi dei moduli e ci arriva... che ne pensi??
Spero di esserti stato d'aiuto in qualche modo...
Keep up the good work...
Ciau
la vedrete in kernelpkg 0.8.0
... forse centrano anche gli headers... nel senso che sarebbe meglio lasciare gli headers con cui sono stati compilati i programmi... però booooo 
