Il codice generato dal gcc e' del tutto indipendente dall' architettura.
Beh, detto così è un po' improprio...
In fase di compilazione del gcc puoi stabilire addirittura per quale tipo di cpu ottimizzare i binari che gcc compilerà (vedi
http://gcc.gnu.org/install/configure.html) alla opzione di configure:
--with-cpu=cpu
Specify which cpu variant the compiler should generate code for by default. cpu will be used as the default value of the -mcpu= switch. This option is only supported on some targets, including ARM, i386, PowerPC, and SPARC.
Quello che si può dire è che il gcc compilato per funzionare con cpu 80486 (se recente, ovviamente) è perfettamente in grado di generare codice per processori intel-like più moderni, classe i686 per intenderci...
Comunque la compatibilità all'indietro è praticamente sempre assicurata fino agli amd64 e x86_64 (alcuni processori però, ad esempio mi pare opteron, sono solo a 64 bit), per cui un programma per i486 funzionerà benissimo anche su un pentium4, mentre non è detto il viceversa...
Mi accorgo che però stiamo andando fuori tema...
Per tornare al tuo problema, oltre al make modules_install ricorda di copiare i binari del kernel al posto giusto, ovviamente, ma credo che questo lo sappia già...